Os ciclos de estudo da NOVA IMS estão acreditados pela A3ES (Agência de Avaliação e Acreditação do Ensino Superior).

O mestrado em dupla titulação em Information Systems Management é efetuado em parceria com a Universidade de Ljubljana, que possui uma acreditação AACSB (Association to Advance Collegiate Schools of Business).

A Licenciatura em Sistemas e Tecnologias de Informação da NOVA IMS é acreditada pela Computing Accreditation Commission da ABET. Esta é a 1ª Licenciatura da Europa acreditada em Sistemas de Informação pela ABET, uma agência de acreditação Norte Americana, líder mundial na certificação da qualidade e no incentivo à inovação em programas académicos nas áreas da ciência aplicada, computação, engenharia e campos relacionados com a tecnologia.

Seis dos Mestrados e Pós-Graduações da NOVA IMS foram classificados pela Eduniversal, agência internacional que publica anualmente o ranking dos melhores Mestrados e MBA do mundo, no TOP mundial do Ranking dos Melhores Mestrados 2021 e os melhores de Portugal nas suas categorias.

O Mestrado/Pós-Graduação em Sistemas Estatísticos possui a certificação EMOS (European Master in Official Statistics), atribuída pelo Sistema Estatístico Europeu (SEE).

O Mestrado em Geospatial Technologies integra o programa Erasmus Mundus da Comissão Europeia, tendo sido selecionado como um dos programas de mestrado europeus de excelência.

A NOVA IMS é a primeira instituição universitária fora dos EUA a obter a acreditação GEOINT (Geospatial Intelligence) por parte da United States Geospatial Intelligence Foundation (USGIF). A USGIF é a única organização mundial dedicada à promoção da prática profissional da Inteligência Geoespacial e à construção de uma comunidade de interesse cruzando a Indústria, a Academia, a Administração Pública e organizações profissionais.

A NOVA IMS foi a primeira instituição da Península Ibérica a integrar a iSchools, organização internacional que reúne as universidades líderes na investigação e ensino de ciências de informação.

O Sistema de Gestão da Qualidade adotado segue as disposições da norma NP EN ISO 9001:2015 e tem como objetivo organizar e sistematizar as atividades da NOVA IMS. O Sistema de Gestão de Qualidade tem como âmbito de aplicação: "Criação, desenvolvimento e realização de cursos conferentes e não conferentes de grau académico".

A NOVA IMS está acreditado como membro da UNIGIS, rede internacional que reúne as melhores escolas na área dos Sistemas de Informação Geográfica.